Необходимость разъяснить суть проекта возникла из-за негодования родителей школьников и ряда публикаций в СМИ на эту тему. По мнению родителей, содержащиеся в документе вопросы нарушают права граждан России, а полученные сведения могут быть использованы в корыстных целях.

По словам начальника отдела государственной политики в сфере обеспечения безопасной деятельности обучающихся, воспитанников и профилактики асоциального поведения несовершеннолетних Департамента государственной политики в сфере воспитания, дополнительного образования и социальной защиты детей Минобрнауки России Валентины Березиной, "паспорт здоровья школьника" будет внедряться только после того, как пройдет трехлетнюю апробацию в пилотных регионах. После этого возможность повсеместного внедрения "паспорта" будет рассматриваться в Правительстве РФ. Она предположила, что недовольные родители имели дело с региональным вариантом "паспорта здоровья".

По ее словам, идея "федерального паспорта" заключается в том, чтобы зафиксировать не только медицинские показатели, но и характеристики физического, психического и духовного состояния ребенка. Несмотря на то, что детали проекта непроработаны, предполагается, что заполнять "паспорт" будут и родители, и педагоги, и медицинские работники, и сами дети. Об этом рассказал начальник Медицинского центра континентальной хоккейной лиги, руководитель группы по исполнению проекта "Паспорт здоровья школьника" Николай Дурманов. Он подчеркнул, что с помощью "паспорта" школьник будет приучаться к здоровому образу жизни. Н. Дурманов заверил, что информация на электронных носителях будет защищена паролями. Доступ к некоторым сведениям будут иметь только родители. По его словам, "отработка механизмов паспорта здоровья школьника" начнется в ближайшие несколько лет. Пока же на эти цели выделено недостаточно средств.